Se tuvo como primera instancia en donde es hoy La Catedral, una iglesia de ladrillos hecho;
en barro pisoteado con tamo y techo de paja.
Curato (parroquia de indios) era el nombre que se le daba a los recintos en donde se enseñaba la religión cristiana. Se tiene conocimiento de que el Curato de Zipaquira fue eregida Parroquia el 3 de agosto de 1.779 llamada: Santísima Trinidad y San Antonio del Padua, no obstante, ejercía las funciones de Parroquia desde mucho tiempo atrás, muestra de ello sor las Partidas de Bautizo que datan de 1.615 y 1.619.
Es una obra concebida por un Arquitecto Español, Fray Domingo de Petres quien diseño también la de Chiquinquira y la de Bogotá. La Catedral de Zipaquira es mas grande porque la que había antes era solamente del ancho de la nave central.
La Iglesia adquiere la categoría de Catedral el primero de mayo de 1.952 después de ser creada La Diócesis de Zipaquira el primero de septiembre de 1.951.

La Iglesia por dentro era toda pañetada, tenia gran cantidad de altares, en todos los nichos habían imágenes de santos, tenia sus acabados en pintura dorada, las columnas pintadas, el piso era en baldosín con unas figuras geométricas hasta simpáticas con arabesquitos. eso lo levantaron y le pusieron la piedra; y todas las columnas las pelaron y también todas las paredes laterales, y desaparecieron los altares, solo quedaron 2 altares. El altar mayor también lo remodelaron, desapareció el púlpito que era en madera.